O campeão garante vaga na Série D do Campeonato Brasileiro de 2017 ou uma vaga na Copa do Brasil de 2017.
Grupo 1
Monte Azul
Penapolense
Votuporanguense
Catanduvense
Marília
Mirassol
Olímpia
Grupo 2
Batatais
Comercial
Independente
Ferroviária
Rio Claro
São Carlos
Matonense
Grupo 3
Bragantino
Juventus
XV de Piracicaba
Ituano
Paulista
Red Bull Brasil
São Paulo
Grupo 4
Flamengo de Guarulhos
São Caetano
Água Santa
Santo André
Nacional
Santos
São José F.C.
* São Paulo e Santos estarão representados por suas equipes sub-20 ou sub- 23